โรงเรียนวัดภูเขาทอง เดิมเป็นโรงเรียนที่เปิดสอนโดยใช้ศาลาการเปรียญของวัดภูเขาทอง เป็นสถานที่เรียน ตั้งอยู่หมู่ที่ 1 ตำบลแม่น้ำ อำเภอเกาะสมุย จังหวัดสุราษฎร์ธานี เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2462 โดยพระยาเจริญราชภักดี นายอำเภอเกาะสมุย เป็นผู้ริเริ่มดำเนินการด้วยเงินศึกษาพลี และได้รับการสนับสนุนจากพระอุปัชฌาย์พัฒน์ พฒมุนี เจ้าอาวาสวัดภูเขาทองในขณะนั้น ชื่อว่า โรงเรียนประจำตำบลแม่น้ำ มีนายท้วม พรหมจันทร์ เป็นครูใหญ่คนแรก นายเพชรทอง เล่าซี้ เป็นครูผู้สอน เปิดสอน 3 ชั้น มีนักเรียนจำนวน 20 คน

ต่อมาในปี พ.ศ.2482 ได้ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ ป.พิเศษ ด้วยงบประมาณราชการ 2,500 บาท และเงินบริจาคสมทบอีก 4,000 บาท ในที่ดินของวัดภูเขาทอง มีนายจรัส สุรินทรวงศ์ และนายจำนง วิลาศศิลปะ เป็นครูใหญ่ตามลำดับ

โรงเรียนวัดภูเขาทอง สถานที่ปัจจุบันได้ตั้งอยู่ในที่ดินของ นายสวาท - นางรุ่น สมวงศ์ ซึ่งเป็น ผู้บริจาคอุทิศที่ดินให้ทางราชการ ตั้งแต่ พ.ศ.2511 จำนวน 6 ไร่ ได้รับงบประมาณ 150,000 บาท และจัดหาเงินสมทบอีก 50,000 บาท สร้างอาคารเรียนแบบ 017 และต่อเติมจนเสร็จเรียบร้อย

โรงเรียนวัดภูเขาทอง ในปี พ.ศ.2519 มีนายผิน วิทยสุวรรณ เป็นครูใหญ่ ในขณะนั้นได้ดำเนินการของบประมาณสร้างอาคารเรียน อาคารประกอบ กำแพงรั้วโรงเรียน และปรับปรุงสภาพแวดล้อม บรรยากาศ ดีขึ้น ต่อมาในปี พ.ศ.2519 ทางราชการได้มีคำสั่งยุบรวมโรงเรียนบ้านแม่น้ำ ที่เปิดสอนชั้น ป.5-7 มารวมกับโรงเรียนวัดภูเขาทอง และโอนทรัพย์สินทั้งหมด และจัดสรรงบประมาณสร้างอาคารเรียนแบบ 017 อีก 1 หลัง เป็นเงิน 400,000 บาท โดยมีพระครูวิภาตทีปกร เจ้าอาวาสวัดภูเขาทอง และคณะกรรมการโรงเรียน ได้ติดต่อซื้อที่ดินเพิ่มเติม นายผิน วิทยสุวรรณ อาจารย์ใหญ่ และ นายจำเนียร เวชวิมล ได้ของบประมาณสร้างอาคารประกอบ สนามกีฬาหลายรายการ

ในปี พ.ศ.2531 นายสัมพันธ์ ทองมี อาจารย์ใหญ่ ได้กำหนดนโยบายและวางแผนการบริหารงานการศึกษาเป็นระบบขึ้น ได้งบประมาณสร้างและปรับปรุงอาคาร สนามกีฬาหลายรายการ

ในปี พ.ศ.2538 นายวินัย นาคเพชรพูล อาจารย์ใหญ่ ได้กำหนดนโยบายการบริหารงาน และวางแผนขอขยายชั้นเรียน และเข้าโครงการโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา เปิดสอนชั้นมัธยมศึกษาตอนต้น ได้รับงบประมาณห้องปฏิบัติการต่าง ๆ และเป็นโรงเรียนปฏิรูปการศึกษา

ในปี พ.ศ. 2542 นายมนตรี มณีรัตนโสภณ เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษาโรงเรียนวัดภูเขาทองเป็นโรงเรียนขยายโอกาสทางการศึกษา เปิดสอนชั้นอนุบาลปีที่ 1 ถึงชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 3 มีนักเรียนทั้งสิ้น 728 คน ครูอาจารย์รวม 26 คน ลูกจ้างประจำ 2 คน ได้รับงบประมาณปรับปรุงอาคารเรียน อาคารประกอบและหาเงินบริจาคเพื่อปรับปรุงพัฒนาโรงเรียน รวมทั้งสิ้น 850,000 บาท

ในปี 2543 ได้จัดหาเงินทาสีโรงเรียนทั้ง 3 หลัง

ในปี 2544 ได้หาเงินสร้างกำแพงรั้วโดยรอบ สร้างสนามเด็กเล่น และป้ายนิเทศ

ในปี 2545 ได้หาเงินสร้างห้องสมุด ห้องพยาบาล สร้างโรงรถ และเรือนเพาะชำ โดยใช้เงินพัฒนารวมทั้งสิ้นประมาณ 800,000 บาท ได้รับงบประมาณสร้าง ส้วม 1 หลัง แบบ สปช.601/26 และได้รับงบประมาณจากเทศบาลตำบลเกาะสมุย เพื่อก่อสร้างถนนคอนกรีตพร้อมคูระบายน้ำในโรงเรียนเป็นเงิน 1,575,000 บาท

ในปี 2546 ได้รับงบประมาณสร้างส้วม สปช. 601/26 เพิ่มอีก 1 หลัง ได้รับการพิจารณาจาก สปอ. เกาะสมุย สปจ. สุราษฎร์ธานี และกระทรวงศึกษาธิการ ให้เข้าร่วมโครงการดังนี้ โครงการยุวทูตความดี “เฉลิมพระเกียรติ” รัชกาลที่ 9, โครงการโรงเรียนแสนสุข, โครงการโรงเรียนส่งเสริมสุขภาพนักเรียนและโครงการโรงเรียนวิถีพุทธ

กระทรวงศึกษาธิการ ได้เปลี่ยนแปลงโครงสร้างส่วนราชการและระบบบริหารราชการตาม พ.ร.บ. การศึกษาแห่งชาติ พ.ศ.2542 และ พ.ร.บ. ระเบียบบริหารราชการกระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ.2546 เมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม 2546 สถานศึกษาเปลี่ยนไปสังกัดสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน และสังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสุราษฎร์ธานี เขต 1

ในปี พ.ศ. 2554 นายวินัย นาคเพชรพูล ผู้อำนวยการโรงเรียนบ้านบ่อผุด มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนวัดภูเขาทอง และเกษียณอายุราชการ ในวันที่ 30 กันยายน พ.ศ.2555

ในวันที่ 14 พฤศจิกายน พ.ศ.2555 นางจิรวรรณ คุ้มพร้อม สำลีพันธ์ ผู้อำนวยการโรงเรียน วัดบุณฑริการาม อำเภอเกาะสมุย ย้ายมาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนวัดภูเขาทอง สภาพปัจจุบันโรงเรียนวัดภูเขาทอง เป็นโรงเรียนประถมศึกษาขยายโอกาสทางการศึกษา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสุราษฎร์ธานี เขต 1 กระทรวงศึกษาธิการ ได้กำหนดนโยบายการจัดการศึกษาเพื่อเร่งพัฒนาคุณภาพให้ได้ตามเป้าหมายเกณฑ์ มาตรฐานคุณภาพ โดยได้รับความร่วมมือจากคณะกรรมการสถานศึกษาขั้นพื้นฐานสนับสนุนการศึกษาในท้องถิ่นเป็นอย่างดี ดังนี้

- สร้างอาคารอนุบาลเป็นเอกเทศ จำนวน 3 ห้องเรียน ราคา 1,200,000 บาท ด้วยงบบริจาค
- สร้างห้องประชุมขนาดเล็ก ห้องน้ำ - ห้องส้วมครู, นักเรียนชั้น ป.4-6, ชั้น ม.1-3
- ทาสีอาคารเรียนใหม่หมด 3 อาคารเรียน
- เปลี่ยนหลังคาอาคารเรียน ชั้น ป.1-3 และ อาคารเรียน ชั้น ป.4-6
- ทำกันสาด และทำรั้วทุกอาคารเรียน
- บริจาคศาลาไทยมอบให้โรงเรียน 1 หลัง มูลค่า 40,000 บาท ด้วยงบส่วนตัว